2002 год
В поисках истины специальный агент ФБР Фокс Малдер проникает на сверхсекретный объект, где обнаруживает засекреченные планы колонизации Земли. Когда доказательства оказываются практически на руках, на горизонте появляется суперсолдат – особое оружие созданное правительством. Впоследствии Малдера обвиняют в проникновении на засекреченный военный комплекс и убийство якобы человека. Бывший агент ФБР попадает под военный трибунал. Уолтер Скиннер выступает адвокатом Малдера и пытается доказать существование инопланетного заговора внутри правительства. Помощь заместителя директора в оправдании своего подчиненного, впрочем, как и попытки агентов Скалли, Доггета и Рейс и результатов не приносят – Малдера приговаривают к казни посредством смертельного укола. Чтобы избежать приговора бывший агент ФБР сбегает из-под заключения. Отдел «Секретные материалы» окончательно и бесповоротно закрыт…

Октябрь, 2006 год
Из Лос-Анжелеса переводят четверых специальных агентов, желающих проявить себя еще больше. Все идет своим чередом, пока Джош Харрис не находит архив секретных материалов.