Март, 2002 год
В поисках истины специальный агент ФБР Фокс Малдер проникает на сверхсекретный объект, где обнаруживает засекреченные планы колонизации Земли. Когда доказательства оказываются практически на руках, на горизонте появляется суперсолдат – особое оружие созданное правительством. Впоследствии Малдера обвиняют в проникновении на засекреченный военный комплекс и убийство якобы человека. Бывший агент ФБР попадает под военный трибунал. Уолтер Скиннер выступает адвокатом Малдера и пытается доказать существование инопланетного заговора внутри правительства. Помощь заместителя директора в оправдании своего подчиненного, впрочем, как и попытки агентов Скалли, Доггета и Рейс и результатов не приносят – Малдера приговаривают к казни посредством смертельного укола. Чтобы избежать приговора бывший агент ФБР сбегает из-под заключения. Отдел «Секретные материалы» окончательно и бесповоротно закрыт…

2006 год
Спустя 4 года Штаб - квартира ФБР продолжает успешно функционировать. Об отделе секретных материалов никто не вспоминает, теперь Федеральное Бюро полностью сконцентрировано на борьбе с преступностью земного  происхождения. Бывший агент Фокс Малдер по – прежнему находится в розыске.
В октябре 2006 года в Штаб-квартиру в Вашингтоне переводят несколько молодых перспективных агентов их Федерального Бюро в Лос-Анжелесе. Неплохое повышение, пускай и климат похуже. По прибытию новичкам практически сразу же дают некоторые нераскрытые дела. Ну а чтобы молодые дарования не терялись в иерархии Вашингтонского ФБР, к ним приставляют старшего специального агента Маргарет Бишоп. Все идет своим чередом до тех пор, пока один из стажеров не натыкается на архив секретных материалов. Недоработка начальства ФБР или кто-то специально подкинул засекреченные архивы? Как бы там не было, Джош Харрис знакомится с частью истории отдела, который когда-то возглавлял специальный агент Фокс Малдер. Данные, подкрепленные фотографиями и зашифрованными документами, возрождают в молодом сотруднике мысли о том, что инопланетная жизнь все же существует. Желание доказать окружающим, которые считали его догадки плодом воображения, загорается с новой силой. Агент Харрис начинает  свое расследование секретных материалов, втягивая во все это остальных переведенных агентов из Лос-Анжелеса, а впоследствии и старшего специального агента Бишоп.
Получится ли у них возобновит работу отдела «Секретные материалы» и одновременно с этим доказать невиновность Малдера – вопрос времени…