В игре: 2006 год, октябрь.

Спустя 4 года Штаб - квартира ФБР продолжает успешно функционировать. Об отделе секретных материалов никто не вспоминает, теперь Федеральное Бюро полностью сконцентрировано на борьбе с преступностью земного происхождения. Бывший агент Фокс Малдер по – прежнему находится в розыске. В октябре 2006 года в Штаб-квартиру в Вашингтоне переводят несколько молодых перспективных агентов их Федерального Бюро в Лос-Анжелесе. Неплохое повышение, пускай и климат похуже. По прибытию новичкам практически сразу же дают некоторые нераскрытые дела.